סדרת בדיקות של נוגדנים בדם מהווה לרוב את הצעד הראשון באבחון המחלה.
הנוגדנים הם חלבונים, הנוצרים בדרך כלל על ידי מערכת החיסון בגוף לצורך תקיפה והתגוננות מפני גופים זרים החודרים לגוף (כדוגמת חיידקים, בקטריות, וירוסים ואורגניזמים אחרים התוקפים את הגוף). בקרב חולי צליאק, הגוף מגיב לרוב ביצירת נוגדנים כנגד החלבון גליאדין המרכיב את הגלוטן וכן כנגד רקמות המעי.
הנוגדנים המשמשים לאבחון מחלת הצליאק הינם המפורטים להלן :
נוגדני גליאדין מסוג IgG או IgA – נוגדנים אלו מזהים חלק קטן של החלבון גלוטן, הקרוי גליאדין. בדיקת נוגדני גליאדין נכנסה לשימוש בשנות ה – 70 והיתה הבדיקה הראשונה בשימוש לאבחון מחלת הצליאק. על אף שהבדיקה הינה רגישה למדי (מזהה בשיעור גבוה את אלו הנושאים את נוגדני הגליאדין) התברר במהלך השנים, כי נוגדני הגליאדין נמצאים בקרב רבים שאינם חולים במחלת הצליאק, ולכן מידת הדיוק של הבדיקה אינה גבוהה.
נוגדני IgA הינם מעט יותר ספציפיים מנוגדני IgG, ומצויים בעיקר אצל חולי צליאק, ואולם, בקרב חלק מחולי הצליאק (כ -2%-3%) נמצא חסר של נוגדנים אלו.
נוגדני אנדומיזיום (וכן נוגדנים של המעי הריק (JAB)) –אנדומיזיום הינו חלבון, שהימצאותו בדם מצביעה על תגובת המעי להימצאות גלוטן. בדיקת נוגדני אנדומיזיום לאבחון מחלת הצליאק החלה בתחילת שנות ה – 80, ומהווה את אחת הבדיקות האמינות ביותר לאבחון המחלה. בניגוד לנוגדני גליאדין, נוגדנים אלו נמצאים בקרב מעטים שאינם חולים במחלת הצליאק, כך שהימצאות נוגדנים אלו יכולה להצביע ברמת וודאות קרובה, על כך שאדם חולה במחלה.
על פי מחקרים שונים, נוגדנים אלו נמצאו בקרב כ – 90%-100% מהחולים במחלה.
יחד עם זאת, בדיקה זו עלולה להציג תוצאות מטעות ביחס לילדים (שכן נוגדנים אלו נמצאו גם במחלות ילדות שונות), ובעיקר בקרב ילדים שגילם אינו עולה על שנתיים. כמו כן, בדיקה זו מחייבת בדיקת הדגימה תחת מיקרוסקופ, בשונה מבדיקות מכניות אחרות, ועל כן תלויה במידת מומחיותה של המעבדה בה במבוצעת הבדיקה. בנוסף, לא ניתן לאתר את מחלת הצליאק בקרב חולים בעלי חסר של נוגדני IgA, כך שבדיקה זו אינה יכולה לסייע לאבחונם.
נוגדני טרנסגלוטאמינזה – אבחון מחלת הצליאק על ידי נוגדני טרנסגלוטאמינזה (TTG) הינה דרך חדשנית יחסית המצויה בשימוש מסוף שנות ה – 90 של המאה הקודמת. דרך זו נחשבת כחדשנית ובעלת דיוק וספציפיות גבוהים במיוחד. האבחון באמצעי זה הינו מהיר ומהווה שיפור לעומת אבחון באמצעות נוגדני אנדומיזיום במספר היבטים – דרך זו אינה יקרה, אין היא תלויה במידת מקצועיותה של המעבדה הבודקת (הבדיקה מבוצעת באמצעות מכונה, כך שלא נדרש אבחון אנושי תחת מיקרוסקופ) ולשם ביצועה די בטיפת דם אחת. עם זאת, חסרונה העיקרי של בדיקת אבחון זו, הינו בכך שנוגדנים אלו עשויים להימצא גם בקרב אנשים החולים במחלות אוטואימוניות אחרות (ולאו דוקא בצליאק), הפטיטיס וסכרת, כך שגם היא אינה חד משמעית.
בדיקות נוגדנים משולבות הן המדויקות ביותר – כך, בדיקות חיוביות של נוגדני גליאדין ונוגדני אנדומיזיום, עשויה להצביע על אבחון כמעט ודאי של מחלת הצליאק בדיוק של כ – 99%. באופן דומה, גם תוצאות שליליות של שילוב בדיקות אלו, מצביעות על כך שהאדם אינו חולה במחלה, בוודאות הקרובה ל – 100%.